De activiteiten van de Johannes Wier Stichting bestaan onder meer uit de uitvoering van enige werkgroepen op het terrein van de ethiek, mensenrechten en gezondheidszorg. De huidige werkgroepen van JWS zijn:
- de werkgroep ouderen
- de werkgroep het jongerennetwerk
- de werkgroep taalbarrières
- de werkgroep mensenrechteneducatie
- de werkgroep communicatie
- de werkgroep géén isolatie in detentie
- de werkgroep kansengelijkheid deelname bevolkingsonderzoek
De werkgroepen vervangen de voormalige projecten. Een overzicht van de oude projecten is nog te vinden onder het archief.