De Johannes Wier Stichting onderhoudt nauwe contacten met o.a. de Koninklijke Nederlandse Maatschappij tot bevordering van de Geneeskunst (KNMG), Het College voor de Rechten van de Mens, Amnesty International, Dokters van de Wereld, Pharos, Lampion, Wemos en het Instituut voor Mensenrechten en Medisch Onderzoek (iMMO).
Tevens is de Johannes Wier Stichting lid van de International Federation of Health and Human Rights Organisations (IFHHRO). De federatie bevordert de internationale samenwerking op het gebied van mensenrechten en gezondheidszorg.
